安定供給の観点では、海外メーカーへ委託したものは価格を抑えるために、船舶を用いた輸送に依存している場合が多く、コンビニエンスストアなど主要な小売店チェーンのほとんどが導入している、POSシステム等を用いたリアルタイムな商品動向の追従や対応ができない。その結果、メディア等で紹介されて商品がヒットしても供給量を増やすことができず、一過性で終わる可能性が高い。これら弱点とも言える不安定供給の問題は、購買層にも徐々に浸透し始めており、次回来店時の欠品といった不安要素にもなり、価格とも相まって購買意欲をそそる結果も生まれている。元々、オリジナル商品にも一応JANコードは印字されているため、POS化は可能ではあったが、かつては、POSシステムを利用した単品ごとの商品管理を導入していなかった。2005年頃から、大手チェーンの店舗には、支払い時に商品のJANコードを読み取らせて、代金を精算するPOSシステムが導入され始めた。
基本的には、店内の商品は原則として1点100円（税別価格、以下同様。税込では105円）で販売される。小型飲料など単価の安い小物商品では数個で100円で販売される。店によっては99円、88円などの場合もある。売り場作りとしては、100円という値段から衝動買いを誘うような演出が取られており、売上のアップが図られている。
100円均一で販売するために、何でも安いというイメージがあるが、実際には商品によっては、スーパーマーケットやドラッグストア、ホームセンターなどで、80円から100円以下で販売されているものも存在する。
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均一価格の採用は、計算をしやすくするためと言われているが、最近では商品の品揃えを増やしたり、粗利を厚くする目的で、衣料を中心として200（税込210）円や300（税込315）円、一部では800（税込840）円や1,000（税込1,050）円や1,500（税込1,575）円などの、100円ショップとしては高額な商品もある。またそれとは逆に、駄菓子などは100円未満（2個で100円、3個で100円など）で販売されている。
2004年4月1日より消費税総額表示の義務化に伴い、「100円ショップ」を（当時の消費税率5%を加味して）「105円ショップ」に看板を変えなければならないのかとの懸念が一部で起こったが、法律上、店名の変更をする必要は無く、店内の商品につける値札に消費税込みの価格を表示すればよいとされている。